周宣帝时，他便退隐至太白山学道，每日炼气养形，求学度世之术，终有成就，体合道真。他不但通晓如何推算天文历法，还精究医药之学，且通过审察人之声色，以诊其疾。

孙思邈对古典医学有深刻的研究，对民间验方十分重视，一生致力于医学临床研究，对内、外、妇、儿、五官、针灸各科都很精通，有二十四项成果开创了我国医药学史上的先河，特别是论述医德思想、倡导妇科、儿科、针灸穴位等都是先人未有。

他还一生致力于药物研究，曾上峨嵋山、终南山、下江州，隐居太白山等地，边行医，边采集中药，边临床试验，孙思邈是继张仲景之后中国第一个全面系统研究中医药的先驱者，为祖国的中医发展建树了不可磨灭的功德。

后周宣帝（公元579年）时，朝廷多故，社会动乱，孙思邈隐居秦岭太白山中。当时，大将军杨坚辅政，下诏征孙思邈为国子博士。孙思邈托疾不就任。他曾对人说：“过此五十年，当有圣人出现，我才出来帮助他，来济世活人”。

孙思邈在太白山研究道教经典，探索养生术，同时也博览众家医书，研究古人医疗方剂。他认为道在身内而不在身外，一个人只要潜心静性、炼气养形，虽无师傅指点，也可达到养炼目的。所以，孙思邈拒绝世俗往来，倾心于道的修炼，并不绝总结前人养炼的宝貴经验，而最终功满道成，成了一名恪守道规，无师自通的道士。

孙思邈不断总结仙道经验。他认为修道之士飞升成仙，必须修德积善，积善愈多，仙阶就愈高。他选择了"济世活人"作为他的终生事业，还制定了“救疾济危”“无欲无求”的标准，广积善德，务欲成仙。医离不开药，他为了解中草药的特性，深入太白山、终南山、峨嵋山的老林中，寻求药农，多方采集，分类总结。后来，他所著的医书中八百多种草药，就是这个时期积累的。

为了解中草药的特性，他走遍了深山老林，孙思邈还十分重视民间的医疗经验，不断积累走访，及时记录下来，终于完成了他的不朽著作《千金要方》。唐朝建立后，孙思邈开始接受朝廷的邀请，与政府合作开展医学活动。公元659年完成了世界上第一部国家药典《唐新本草》。根据史志、本草、《道藏》等文献，以及陕西省耀县药王山有关碑刻，孙思邈的著作80余种，今多亡佚。

孙思邈医德也十分高尚。他认为，医生须以解除病人痛苦为唯一职责，其它则“无欲无求”，对病人一视同仁“皆如至尊”，“华夷愚智，普同一等”。他身体力行，一心赴救，不慕名利，用毕生精力实现了自己的医德思想，是我国医德思想的创始人，是中国古代当之无愧的著名科学家和思想家。

农历四月二十八是药王庙会。关于这一天之所以是药王庙会日，历来有三种说法：一说四月二十八是药王孙思邈的生日，四乡百姓念其济世行医，造福于民，进庙焚香祭祀，求医问药;二说此日孙思邈在四川青城山书成《千金方》，留给后人祛病消灾，而后白日飞升成仙，人们感谢他治病救命，留仙方于人间的深恩大德，而赴庙祭祀;三说唐太宗李世民的公主得了疑难病症，请遍名医国手久治不愈，后来孙思邈药到病除，于农历四月二十八被唐太宗封为“药王”，后人才于此日集会药王庙，焚香祭祀，顶礼膜拜。

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