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一、国家自然科学基金委员会对科学基金项目实行统一的编号管理，采用8位编号法。号码位置的分配如下图所示：
第1位“科学部”的编号次序是：
“1” ……………………………数理科学部
“2” ……………………………化学科学部
“3” ……………………………生命科学部
“4” ……………………………地球科学部
“5” ……………………………工程与材料科学部
“6” ……………………………信息科学部
“7” ……………………………管理科学部
第4位“项目类别”的编号次序是：
“0” ……………………………青年科学基金项目
“2” ……………………………专项基金
“3” ……………………………重点项目
“4” ……………………………科学部主任基金项目
“5” ……………………………委主任基金项目
“6” ……………………………地区科学基金项目
“7” ……………………………自由申请项目
“8” ……………………………高技术新概念新构思探索项目
“9” ……………………………重大项目
二、重大项目：
除第4位用“9”表示外，第5位表示项目的资助格局，第5位的编号顺序为：
“0” ……………………………跨科学部
“1-7” …………………………科学部
“9” ……………………………其它
第6、7两位表示项目序号；
第8位表示课题序号。
如下图所示：
三、专项基金：
除第4位用“2”表示外，第5位的编号顺序为：
“3” ……………………………重点实验室研究项目基金
“4” ……………………………研究成果专著出版基金
“5” ……………………………国家杰出青年科学基金
“6” ……………………………数学天元基金
“7” ……………………………科学仪器基础研究专款
如下图所示：
四、国家基础科学人才培养基金及委托任务编号法。
采用8位编号法，号码位置的分配如下图所示：
第1位部门表示科学部、局、室。用英文字母表示：
A ………………………………数理科学部
B ………………………………化学科学部
C ………………………………生命科学部
D ………………………………地球科学部
E ………………………………工程与材料科学部
F ………………………………信息科学部
G ………………………………管理科学部
J ………………………………综合计划局
K ………………………………国际合作局
l ………………………………政策局
第4位表示类别：
“2”…………………………… 委托任务
“3”…………………………… 国家基础科学人才培养基金
第5位表示经费来源
“1” ……………………………青少年科技活动
“2” ……………………………软课题经费
“3” ……………………………宏观调控经费
“4” ……………………………科学部主任基金
“5” ……………………………委主任基金
“6” ……………………………地区联络网经费