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商品房买卖合同实际履行期间，由于多方面原因的综合，导致逾期交房、逾期办证等违约行为时有发生。依据现行法律，房屋买受人权利几乎均以主张违约金的方式谋求司法救济。由于审判机关对现行立法的理解存在一定的偏差，兼有实践中付款方式的多样性，导致商品房买卖合同中违约金计算标准的基数没有得到明确，另在实践中裁判标准不一，影响法律裁判结果的严肃性。民法专家展开专题研讨，专家最终达成一致意见：商品房买卖合同中全额付款与按揭付款违约金计算基数应予以区别对待。
商品房买卖合同的付款方式，现实中可分为五种：
一、全额付款方式
二、分期付款方式
三、按揭付款方式
四、房公积金方式
五、组合贷款方式
对于全额付款方式下违约金的计算基数应以全部购房款为违约金计算基数；
对于分期付款方式下违约金的计算基数应以买受人以付购房款（实际支付的数字）为违约金计算基数；
对于按揭付款方式下违约金的计算基数应区别对待：当房屋抵押登记办理之前，以买受人首付房款与以付月供款之和为违约金计算基数；当房屋权属证书办理且完成抵押登记之后，以买受人首付房款与买受人委托银行支付的房款之和，即全部房款的本金及利息为计算基数；
对于买受人仅采用住房公积金贷款方式的，违约金的计算基数应以买受人支付的全部购房款为违约金计算基数；
买受人以组合贷款方式（即住房公积金贷款加按揭贷款）支付房款的，违约金的计算基数应区别对待：房屋抵押登记办理之前，以买受人首付房款、住房公积金委托付款及以付月供款之和为违约金计算基数；当房屋权属证书办理且完成抵押之后，以买受人首付房款、住房公积金委托付款及银行按揭付款支付的房款之和，即全部房款的本金及利息为计算基数。
对于不同付款方式下违约金计算标准应予以区别对待的依据主要涉及以下四个方面：法律关系方面、权利义务方面、公平合理原则以及现有法律法规的支持。由于现实操作及法律理解中主要的偏差存在于按揭付款方式，本文主要就按揭付款方式下的依据予以分析，四个方面的依据分述如下：
一、法律关系方面
按揭付款方式下，商品房买卖合同主要涉及三方当事人：房屋买受人（以下简称买受人）、贷款银行（以下简称银行）及房地产开发商（以下简称出卖人），三者之间的主要法律关系分以述之：
买受人于出卖人之间的房屋买卖合同关系
此合同关系为商品房买卖合同的主合同，其余当事人之间签订的合同均是为其履行提供必要的条件或者基础。买受人与出卖人之间的法律关系为明确的、简单的买卖关系，仅是因买卖标的物为不动产而与普通买卖有所区别。
买受人于银行之间的借贷、抵押合同关系
买受人于银行之间的借贷合同实质是为保证买受人与出卖人之间的房屋买卖合同而订立，属于房屋买卖合同的从合同。买受人为了得到足够的资金以获得房屋的所有权，需要与银行签署借贷合同。借贷合同中，银行依据买受人提供的经济收支情况、身份证明及个人信用证明等材料，结合买受人所需资金的数额、用途等具体条件，为买受人提供相应的资金援助以获得利息收入。
银行为保证资金的安全，需要买受人提供相应的资信证明，并以买受人的商品房买卖合同正本及预期取得的房屋权属证书作为抵押，当买受人发生断供行为达到一定期数后，银行可以将上新房予以折价、变卖或拍卖以保证资金的安全。买受人与银行之间的抵押合同关系应根据实际情况分阶段而论；
第一阶段为房屋抵押登记办理之前。依据《中华人民共和国担保法》第四十一条的规定，抵押合同自抵押登记时成立，此时由于权属证书并未获得或者没有移交，抵押关系没有成立，银行的房款行为实质上是基于下述出卖人与银行之间签订的担保合同而发生的。此阶段中，由于断供所导致的风险及责任均在出卖人。
第二阶段为房屋权属证书完成抵押登记之后，此时，出卖人将权属证书移交于银行掌控，抵押关系自始成立，出卖人几乎退出商品房买卖合同关系，仅在抵押物折价、变卖或者拍卖不足清偿银行损失时方承担担保责任。此阶段中，断供所发生的风险与责任多数集于买受人。
银行与出卖人之间的担保合同关系
按揭过程中，虽然买受人于银行签订抵押合同，但由于现实中买卖成立时买卖标的仅为期房，权属证书没有办理，在权属证书未办理之时，抵押关系并没有成立。为保证资金的安全，银行会要求出卖人为买受人提供“阶段性担保”，即在房屋权属证书未办理，也未办理抵押登记之前，由出卖人对买受人的贷款行为承担担保责任，若发生买受人不还款的行为，出卖人承担担保责任。
三方当事人之间的买卖合同关系、借款合同关系、抵押合同关系及担保合同关系为统一的整体，担保、抵押、借款合同均为买卖合同的从合同，均为保证买卖合同的顺利进行而签订。在房屋抵押登记办理之前，银行的房款行为是基于出卖人的担保行为而为的，抵押关系并没有成立，故此时违约金计算基数应以首付款与月供款之和计算。房屋权属证书办理且完成抵押登记之后，出卖人移交了相关证件于银行，抵押关系自时成立，出卖人退出主要合同关系，此时买受人与出卖人之间紧紧是纯粹的商品房买卖合同关系，且房款已经委托银行支付完毕，应以房款总额为违约金计算基数。
住房公积金贷款所涉及的法律关系
涉及的基本主体有三方：职工、住房公积金管理中心及银行。三者在住房公积金贷款中是民事法律关系。管理中心为委托付款人，银行为受托人，职工为借款人。其性质为委托贷款，即管理中心委托银行对职工进行贷款。因此，该法律关系中不涉及开发商的保证责任，对于买受人以住房公积金贷款方式支付的部分房款，应作为违约金的计算基数。
二、公平合理原则
依公平合理原则，在房屋抵押登记完成之前，断供行为所导致的风险及责任均在于出卖人，出卖人承担主要责任，若以房款总额为违约金计算基数，违背公平合理原则。在房屋权属证书办理且移交银行抵押之后，事实上的抵押合同成立，除折价、变卖或拍卖不能满足银行损失的情形下，出卖人已不负有任何责任及风险，所有的风险及责任均随权属证书的移交而移交至买受人，故应以房款总额为违约金计算基数。
注：司法解释的支持
《最高法关于审理商品房买卖合同纠纷案件适用法律若干问题解释》