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全国股份转让系统与证券交易所的主要区别在于：一是服务对象不同。《国务院关于全国中小企业股份转让系统有关问题的决定》(以下简称《国务院决定》)明确了全国股份转让系统的定位主要是为创新型、创业型、成长型中小微企业发展服务。这类企业普遍规模较小，尚未形成稳定的盈利模式。在准入条件上，不设财务门槛，申请挂牌的公司可以尚未盈利，只要股权结构清晰、经营合法规范、公司治理健全、业务明确并履行信息披露义务的股份公司均可以经主办券商推荐申请在全国股份转让系统挂牌；二是投资者群体不同。我国证券交易所的投资者结构以中小投资者为主，而全国股份转让系统实行了较为严格的投资者适当性制度，未来的发展方向将是一个以机构投资者为主的市场，这类投资者普遍具有较强的风险识别与承受能力。三是全国股份转让系统是中小微企业与产业资本的服务媒介，主要是为企业发展、资本投入与退出服务，不是以交易为主要目的。
意义
新三板的意义主要是针对公司的，会给该企业，公司带来很大的好处：
1.治理更加规范。
2.有一定的广告效应。
3.带来财富效益。
4.可以流通套现。
5.成本较低。
6.新三板挂牌速度快。
7.定向融资。
规则
值得注意的是，备受关注的个人投资者参与新三板交易的门槛也首次明确。
(一)投资者本人名下前一交易日日终证券类资产市值500万元人民币以上。证券类资产包括客户交易结算资金、在沪深交易所和全国股份转让系统挂牌的股票、基金、债券、券商集合理财产品等，信用证券账户资产除外。
(二)具有两年以上证券投资经验，或具有会计、金融、投资、财经等相关专业背景或培训经历。
投资经验的起算时点为投资者本人名下账户在全国股份转让系统、上海证券交易所或深圳证券交易所发生首笔股票交易之日。[1] 有不少投资者对《每日经济新闻》记者抱怨道，上述规则门槛太高，普通投资者根本无法参与，这一门槛甚至比股指期货还要高。不过，有业内人士认为，门槛高固然有其弊端，比如说参与的投资者数量少，吸引的资金量也会减少；不过，开放个人投资者参与新三板交易，有助于活跃新三板市场，提高门槛更多的也是为了保护中小投资者的利益。
根据上述试行的业务规则，除了允许个人投资者参与，做市商制度也被明确提出，竞价交易方式也有可能引入。规则显示，“股票转让可以采取协议方式、做市方式、竞价方式或其他中国证监会批准的转让方式”，并且“经全国股份转让系统公司同意，挂牌股票可以转换转让方式”。