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根据《企业所得税法》第五条的规定，企业每一纳税年度的收入总额，减除不征税收入、免税收入、各项扣除以及允许弥补的以前年度亏损后的余额，为应纳税所得额。关于企业弥补亏损的问题，近年来相关部门陆续出台了一些补充规定，本文将其归纳解读如下，供纳税人参考。
查补应纳税所得额可以弥补亏损
《国家税务总局关于查增应纳税所得额弥补以前年度亏损处理问题的公告》(国家税务总局公告2010年第20号)文件明确规定，税务机关对企业以前年度纳税情况进行检查时调增的应纳税所得额，凡企业以前年度发生亏损、且该亏损属于企业所得税法规定允许弥补的，应允许调增的应纳税所得额弥补该亏损。弥补该亏损后仍有余额的，按照企业所得税法规定计算缴纳企业所得税。本规定自2010年12月1日开始执行。以前(含2008年度之前)没有处理的事项，按本规定执行。
免税收入及减计收入不可弥补亏损
《国家税务总局关于做好2009年度企业所得税汇算清缴的通知》(国税函[2010]148号)规定，对企业取得的免税收入、减计收入以及减征、免征所得额项目，不得弥补当期及以前年度应税项目亏损。当期形成亏损的减征、免征所得额项目，也不得用当期和以后纳税年度应税项目所得抵补。这里体现了一个应税项目和免税项目要分别核算的原则。
企业清算后有盈利可以弥补以前年度的亏损
《财政部、国家税务总局〈关于企业清算业务企业所得税处理问题若干通知〉的通知》(财税[2009]60号)第三条规定，企业清算的所得税处理包括依法弥补亏损，确定清算所得。因此企业清算后盈利可以弥补以前年度亏损。
非法人的独立核算分公司亏损不单独核算
《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法〉的通知》(国税发[2008]28号)规定，不具备法人资格的分支机构，由总机构负责进行企业所得税年度汇算清缴，统一计算企业的年度应纳税所得额和应纳税额。因此，分支机构的亏损已汇总到总机构统一计算应纳税所得额，分支机构不再单独弥补亏损。
企业集团取消合并纳税后尚未弥补的亏损处理
《国家税务总局关于取消合并纳税后以前年度尚未弥补亏损有关企业所得税问题的公告》(国家税务总局公告2010年第7号)规定，自2009年1月1日起，取消合并申报缴纳企业所得税后，对汇总在企业集团总部、尚未弥补的累计亏损处理如下：
(1)企业集团取消了合并申报缴纳企业所得税后，截至2008年底，企业集团合并计算的累计亏损，属于符合《企业所得税法》第十八条规定5年结转期限内的，可分配给其合并成员企业(包括企业集团总部)在剩余结转期限内，结转弥补;
(2)企业集团应根据各成员企业截至2008年底年度所得税申报表中的盈亏情况，凡单独计算是亏损的各成员企业，参与分配第一条所指的可继续弥补的亏损，盈利企业不参与分配;
(3)企业集团在按照第二条所规定的方法分配亏损时，应根据集团每年汇总计算中这些亏损发生的实际所属年度，确定各成员企业所分配的亏损额中具体所属年度及剩余结转期限;
(4)企业集团按照上述方法分配各成员企业亏损额后，应填写《企业集团公司累计亏损分配表》并下发给各成员企业，同时抄送企业集团主管税务机关。
变更主管税务机关后，原未弥补完的亏损可继续弥补
《企业所得税法》第十八条规定，企业纳税年度发生的亏损，准予向以后年度结转，用以后年度的所得弥补，但结转年限最长不得超过5年。该法规定发生的年度亏损予以结转，主要是基于纳税主体的持续经营。因为厂房搬迁，变更了主管税务机关，属于法律形式的简单改变，纳税人办理变更税务登记证后，有关企业所得税纳税事项由变更后的纳税人承继，包括之前未弥补完的亏损，可在规定的限期内继续弥补。
国债利息和免税投资收益不可弥补近两年的亏损额
《企业所得税法》第五条规定，企业每一纳税年度的收入总额减除不征税收入、免税收入、各项扣除以及以前年度亏损后，为应纳税所得额。因此，对企业取得的免税收入、减计收入以及减征、免征所得额项目，不用弥补当期及以前年度应税项目亏损。企业发生的亏损额，可以按照规定往后转移。因此，对国债利息和符合条件的免税投资收益，不可弥补今年和去年的亏损额。
以前年度未申报损失可在追补确认发生的年度扣除
《国家税务总局关于企业以前年度未扣除资产损失企业所得税处理问题的通知》(国税函[2009]772号)规定，企业以前年度(包括2008年度新企业所得税法实施以前年度)发生，按当时《企业所得税法》有关规定符合资产损失确认条件的损失，在当年因为各种原因未能扣除的，不能结转在以后年度扣除，可以按照《企业所得税法》和《税收征管法》的有关规定，追补确认在该项资产损失发生的年度扣除，而不能改变该项资产损失发生的所属年度。