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One Codex看到了潜藏在微生物基因组数据检索服务中的商机，创立不久边向着“基因组数据的Google搜索器”这样的目标前进。
文|温稀超
随着基因测序技术的发展和微生物基因数据库的完善，医院和公共卫生组织在检测微生物、病原体等方面，逐渐开始采用对微生物基因组测序的方法来进行鉴定，但一个关键问题是，搜索微生物基因组数据仍然要花一些时间，这也一定程度上阻碍了这一新检测方法的应用。
美国创业公司One Codex看到了这一痛点，这家2014年新成立的野心勃勃的公司，正在努力解决这个问题。
公司
产品
火视观点
公司名片
公司名称：One Codex
公司属地：美国旧金山
所属行业：医疗保健、互联网服务
公司网址：https://onecodex.com/
公司CEO：Nick Greenfield、Nik Krumm
核心技术：即时基因搜索
公司简介
One Codex使用最先进的生物信息，提供基于云的微生物鉴别平台。使用微生物基因信息而建立的数据平台包括了微生物基因组搜索引擎和基因组数据库。One Codex拥有的宏基因组分类系统，背后有包含大约40000个全基因组的数据库作支持，为微生物基因及生物信息识别提供了极高的准确性。用户可以对数据库中存在的各种微生物基因、生物信息进行搜索，得到自己想要的数据。这些数据可以为临床诊断、食品安全、生物安全提供参考。
CEO简介
One Codex的创始人Nick Greenfield是位数据科学家，曾担任Cardpool公司数据分析师。另一位重要的联合创始人Nik Krumm则是华盛顿大学基因组科学的博士。两位创始人不仅研究大数据平台搜索技术，更想建立一个微生物基因信息索引系统。
商业模式画布
关键业务
One Codex微生物基因组数据平台的商业使用
One Codex借助综合了细菌、病毒和真菌的基因组数据库，可以对众多微生物样本进行基因检测，确定生物种类。用于微生物检测的面板可读取10639个基因组，这些基因组数据的特异性统计是在个体阅读水平上进行的，可以区分相近的微生物，通过完整的样例及序列来确定生物，进而为用户提供每个样本中每一生物体的全套数据。
具体说来：用户可以在文件夹导航处找到用于上传的图形工具，只需拖拽上传微生物基因测序数据，即可将原始基因组序列上传到平台，不用担心过程繁琐和操作复杂。
而平台还有一个API工具可用于数据的上传。数据一旦上传成功，One Codex平台即可完成对信息的读取，并将样本数据和数据库进行对比，迅速完成样本的微生物检测，给出对比数据。用户能够对数据库中的数万种细菌、病毒以及真菌基因组信息进行搜索，以每秒钟过滤数百万个DNA碱基对的速度，帮助用户在短时间内找到自己想要的数据。
核心资源
One Codex数据平台提供的基因信息检索算法有助于微生物学家对他们的样品进行迅速、全面、精确地评估：
迅速——以往对于基因组样本的处理要用几天的时间，而One Codex可以在几分钟内快速完成。这是因为 One Codex的微生物检测算法在一个静态Linux容器内执行，这个系统在安全高速的云环境中运行。
全面——是世界上最大的基因组搜索平台，数据不仅包含细菌和病毒，还涵盖了真菌的基因组。
One Codex的参考数据库包含细菌、病毒、原生生物、古生菌和真菌等微生物的40000个全基因组。One Codex的工作人员开发了一套可以将这些基因数据完整压缩的结构，而正因为这个结构使搜索更加快速。随着不断对新的微生物基因组测序，One Codex的数据库将合并这些新的基因组来扩充自己的基因数据库。
精确——One Codex的搜索灵敏度和精准度与现在应用的主要方法类似，甚至优于它们。
One Codex的每一个样本涉及的算法、数据库和输入数据都存储在惟一的标识符中，后台可以通过这个独一无二的标识符来跟踪每个分析的执行情况。这种方法保证了分析过程的高效和准确性，这样每个分析结果就可以完全复制。除此之外，One Codex还有验证数据集。这样，平台确保所有用户获得最高精准度的的分析结果，提供可视化的直观数据。
In silico面板
One Codex平台所提供的In silico面板可以分析NGS样本的微生物特性，包括毒性预测、抗生素耐药性和其他表型性状。
微生物基因组样本管理
丰富的样本管理系统可以用于搜索、对比丰富的样品数据。
价值主张
One Codex主张对基因进行简便搜索，因而从宏基因组、快速的搜索算法和高精准度着手完善搜索平台。在过去20年中，基因组测序能力成倍增加，超过了计算能力的发展，Nick和他的团队们主张对基因组进行压缩，而这就要求更快的系统和更智能的算法。目前Nick Greenfield如是阐述他们公司的服务：“如果你想测定肺结核，我们提供的服务是让医生采样，对样品进行基因测序，将生物学信息转变成数据信息，然后对照所有病原体用尽一切资源搜索数据。最后，他们就能够告诉你，你是否患有肺结核、肺结核的类型以及这种结核是否具有耐药性”。
收入来源
现在One Codex公司专注于与医院、公共卫生和科研机构的合作。通过帮助这些机构鉴别分析样本微生物信息来获得报酬。
竞争对手
目前，基因组搜索最常用的工具是一种可以对主要的生物排序信息进行比对的“BLAST”算法，“BLAST”是由NCBI开发的一款序列相似搜索程序。通常情况下，将一份文件上传至BLAST需要花费2分30秒。然而，使用One Codex上传同样大小的数据，花费的时间还不到20分之一秒，也就是说，它的上传速度比BLAST工具快了3000倍。
BLAST算法试着读取重组基因，而One Codex比较所有DNA序列以获得最精细的区分基因组，从而对生物进行最细化的分类。One Codex创建的独有算法，大大减少了在基因组数据库中寻找一个特定的基因序列所需的时间。此外，对基因进行越多次的搜索，就越会加快平台提供检测结果的速度，因为产生了更多的数据，这样又会加重平台的优势，形成良性循环。
融资情况
2014年7月One Codex获得了着名创业孵化器Y Combinator和Healthy Ventures的12万美元的种子资金支持。2015年4月，获得第二轮种子资金支持，但具体融资情况未公布。
One Codex目前还在积极开拓公共健康和生物安全市场，因为像食品与药品管理局这样的美国政府机构每年都会对食物病原体进行大概5亿次检测，而这种检测如今正被转变为基于基因组学的检测。One Codex公司的医疗人员已经对超过10万个基因组进行排序，并且生成了PB级数据。 目前，One Codex公司的数据库中有超过3万组细菌、真菌以及病毒数据，并且这一数据还在不断增长。
Bio-IT World上曾有报道阐述了One Codex 搜索平台在微生物学上的贡献，而在TechCrunch上也有观点认为，该公司抓住了新时代的机会，对于搜索平台的创新不仅为疾病诊断节约了时间，也为自己创造了效益。
文章来源：
https://onecodex.com/
http://phys.org/news/2014-08-codex-beta-genomic.html
http://www.yigoonet.com/article/22414653.html
https://www.crunchbase.com/organization/one-codex